Здравствуйте, на мой взгляд, тут очень неоднозначная ситуация. Согласно п.1, ст.3 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ (ред. от 30.12.2015) "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей" (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.01.2016), право на дополнительные меры государственной поддержки возникает при рождении (усыновлении) ребенка (детей), имеющего гражданство Российской Федерации, у следующих граждан Российской Федерации независимо от места их жительства:

1) женщин, родивших (усыновивших) второго ребенка начиная с 1 января 2007 года;

2) женщин, родивших (усыновивших) третьего ребенка или последующих детей начиная с 1 января 2007 года, если ранее они не воспользовались правом на дополнительные меры государственной поддержки;

3) мужчин, являющихся единственными усыновителями второго, третьего ребенка или последующих детей, ранее не воспользовавшихся правом на дополнительные меры государственной поддержки, если решение суда об усыновлении вступило в законную силу начиная с 1 января 2007 года.

Вся суть в том, что законодатель не определил, какое это должно быть гражданство: приобретенное (ваш случай) или по рождению. На момент подачи заявления на выдачу материнского капитала, вы подходили под все требования. Также своими фактическими действиями вы подтверждаете тот факт, что определяете себя и своих детей, как граждан Российской Федерации. Ваш вопрос можно решить только в судебном порядке (далее см.почту).